Почему в отопительные котлы не установить магнетрон?

Действительно. Установи, проверь. Потом расскажи нам как все прошло и появился ли спрос. Опытный путь все точки над Й расставит.

Это не даст выгоды. Магнетрон сам по себе очень дорог. А воде вообще-то безразлично, нагреваешь ты ее с одного бока, или изнутри - количество теплоты и затраченной энергии в любом случае одинаково. А вода, прогретая с одного бока, при течении по трубе за пару секунд все равно смешается равномерно.

А сколько будет стоить такой котел, и каков будет КПД, и чем этот котел будет лучше например газового?

Нагревание магнетроном связано с бОльшими потерями, чем обычным ТЭНом, который как ни странно, весьма эффективен. А как нагревают воду, с поверхности или по объему - ей без разницы. Время нагрева это не сократит, теплоемкость не обманешь.

http://www.levanna.ru/catalog/water_heaters/water_heaters_32

обычный нагреватель имеет КПД 100% по определению, т. к. всю полученную электроэнергию преобразует в нагрев.
Магнетрон нужно питать высоким напряжением через выпрямитель, ему нужно подогреть катод для запуска, и КПД у магнетрона далеко не 100%. В результате будет нагрев источника питания, который в котел не засунешь, и потери излучения через неоднородности волновода.
Ну и зачем весь этот огород?

КПД можно повысить, если поставить тепловой насос (типа холодильной установки) , который будет закачивать тепло из окружающей среды в отапливаемое помещение. Вот в такой системе эффективный КПД по обогреву может достигать 200% и более.

Уж лучше сразу сделать их из золота, чтобы не обидно было за потраченные средства...