Sata 2 в материнке, если купить pcie sata 3, жёсткий диск будет работать быстрее ssd?

нет конечно)

независимо от версии SATA ( 2 или 3) SSD будет быстрее работать, чем HDD

у HDD ограничение скорости из-за механики и особенности считывания и записи данных.
в SSD же запись и чтение блоков может производиться моментально по любому адресу . В этом и преимущество.

Так что SSD, подключенный к SATA2 порту все равно будет быстрее шуршать, чем HDD на SATA3

нет, разумеется. Будет работать как обычный жесткий диск.
Быстродействие жестких дисков ограничено не интерфейсом.

HDD в принципе не разгоняется до скоростей Sata3, это чисто маркетинг

хард никогда не будет быстрее ссд

будет, если ssd sata 3, надо твою маму смотреть, какой у нее юг
Вообще современные южники вполне поддерживают и гораздо большую "скорость"
Видео карта, например, тоже висит на южнике как и ваша pcie карта или как юсб слоты материнки, но она использует pcie лишь в качестве сетевого интерфейса на южном мосту и является отдельным компьютером) соединенным с вашим с другой битовой архитектурой (более крутой)

Жеский диск даже если был изначально версии 3.0 и стоял в материнке с сата 2.0, то при замене в слот 3.0 его скорость возрастет незначительно. О какой то скорости на равне с сата нет и речи. К тому же на диски подключенные через этот адаптер нельзя ставить операционную систему