Чем отличается встроенный в роутер VPN, например IPsec VPN, SSTP VPN от например встроенного VPN в браузер Opera ?

Тот VPN, что в Opera не бесплатный - он собирает сведения о людях, которые пользуются браузером Opera. А в роутере ты, теоретически, можешь настроить свой VPN - либо найденный беслатно (который будет собирать или продавать сведения о тебе), либо купленный (тоже никто не гарантирует конфиденциальность), либо сделать свой собственный VPN и к нему подключаться.

К тому же VPN в роутере будет принудительно направлять через VPN все (зависит от настроек) программы со всех подключившихся к роутеру устройств. А Opera VPN работает только для браузера Opera.

Принципиально - ничем не отличается.
По сути же, ВПН, установленный в роутере, пустит через ВПН весь трафик всех подключенных к нему устройств (если ты только какие-то байпасы там специально не настроишь), в то время как оперный ВПН будет работать только с оперой и только в веб-трафиком.

VPN ён и в Афреке VPN.

Встроенный клиент или сервер? В первом случае ты настраиваешь удаленное соединение на роутере, работающее поверх твоего текущего. Полезно, например, если у тебя много устройств и не на каждом можно поднять vpn клиент и маршруты.
Если сервер, то в зависимости от настроек, можем как получить доступ к домашней сети с удаленного устройства. Так и доступ в интернет через твой роутер.
Твоя же опера, не имеет vpn, строго говоря. Там https прокси, который обозвали "vpn".

Провайдер может обойти впн в роутере. Типа того.