Почему одни люди у себя в гараже делают сложнейшие аппараты за 50-100К рублей, а другие в крупнейших НИИ делают...

Чаще всего -- потому что "гаражные умельцы" вульгарно воруют материалы и приборы. Или в лучшем случае получают списанные за бесценок по знакомству. Иногда еще имеют легкий доступ к оборудованию.

У меня были знакомые, которые в советсое время строили одноместный вертолет с двигателем от спидвейной "Явы", списанном в каком-то мотоклубе ДОСААФ. Все станочные и сварочные работы они проводили в машиностроительном техникуме, где один из них работал мастером производственного обучения. Когда дело дошло до лопастей, они пошли к знакомым в какую-то авиационно-учебную организацию (то ли опять-таки ДОСААФ, то ли военный учебный центр, готовящий прапорщиков запаса) в соседней области и за бутылку взяли у них пару списанных лопастей от Ка-26. Идея была в том, что если шесть лопастей отлетали свой ресурс на пепелаце со взлетным весом три тонны, то две из них на пепелаце со взлетным весом порядка 200 килограммов вполне себе еще поработают...

В гараже ты купил - ты сделал. Ты не арендуешь помещение, ты не платишь сотрудникам, у тебя нет толпы начальников, у которых половина финансирования оседает в карманах.

Не преувеличивай. За 50-100к тоже ничего прям крутого не сделаешь. Ведь нужно еще оборудование купить. Пусть не 50 млн, но 5 млн вполне может потребоваться, чтобы купить все необходимое оборудование.
Один только токарный станок чего стОит. Если новый, то вменяемый уже будет чуть ли не полляма...
Да, люди покупают советское - реставрируют, или покупают херовое китайское - и дорабатывают. Но это все равно куча денег и куча труда.

Ну и по практической ценности эти "крутые аппараты в гаражах" недалеко ушли...

Примеры? Сдаётся мне, что сложнейшие аппараты в гараже - туфта и лажа.