Иногда получается, что не доконца включаю заднюю скорость, это сильно вредит коробки?

при недовключении любой передачи зубья шестерни входят только на часть рабочего диапазона, если недовключать только заднюю передачу то страшного ничего не будет (но опять же при условии что вы не пытаетесь вдавить педаль газа до самого коврика) короче если нагрузка не большая то не страшно особенно учитывая то сколько люди ездят на задней передаче. все остальные передачи будут жить столько же как и должны а вот задняя примерно на 10% меньше. вообще обычно регулировка привода рычага КПП занимает полчаса это же время вы потеряете за две недели езды если сложить манипуляции с рычагом (повторные переключения из-за недовключений).

Можно зубья побить и поломать.

Коробке может и вредит, но концу, думаю, только напользу. )))

любое неправильное обращение с коробкой безуслоно ей вредит, в итоге дешевле следить за своими манипуляциями, вы по всей видимости будете иметь возможность в этом убедиться

А как вы проверяете, до ,,КОНЦА" или после ,,КОНЦА" ?)))

Когда треснет - узнаешь.
Увы.

влияет на износ зубьев шестерен.

Вы неможете включить её до конца или просто по запарке? Если не можете включить скорость то лучьше ехать на ремонт, а если по запарке не можете иногда доткнуть, ну просто както постарайтесь себя приучить не торопится при включении выжимать сцепление до упора, а потом включать, если сильно преживаете за коробку, обработайте присадкой ХАДО для коробок.