Прекращает ли действие знака Главная дорога (должен ли он там вообще быть установлен), действие знака Жилая зона?

В жилой зоне не может быть установлен знак главная дорога. Кроме того, нужно руководствоваться знаком жилая зона, то есть там запрещена езда всех транспортных средств без исключения. И знак жилая зона имеет приоритет над знаком главная дорога.

Сложно как-то без рисунка.

Нам бы схемку, аль чертёж.
Мы бы начали вяртёжь...

Дорожный знак 2.1 «Главная дорога» - зона действия этого знака ограничивается только знаком 2.2 «Конец главной дороги»

Прекращает.
Внутри жилой зоны обычно не ставят знаки приоритета и все дороги равны между собой. Т. е. внутри жилой зоны нет выезда со двора на дорогу - это равнозначный перекрёсток, жилая зона это всё как один большой выезд со двора. Соответственно если не отменить ГД, то как о её наличии будут знать другие, которые типа "должны уступить"?
Аналогично, любой перекрёсток отменяет ВСЕ знаки, если они не дублируются за ним, иначе как о наличии этих знаков знать повернувшим на перекрёстке?

В ПДД нет такого пункта, который бы указывал на конец главной дороге иначе как через знак "конец главной дороги". Таким образом, дорога остаётся главной даже если она проходит через жилую зону.
Однако, это имеет значение только после ДТП и во время суда. А по-человечески нужно догадываться, что скорее всего дорожники забыли повесить знак "конец главной дороги", если в жилой зоне нет знаков приоритета, подтверждающих то, что эта дорога всё ещё главная. Увы, у нас часто оба этих знака вешать забывают, поэтому на всякий случай лучше пропускать тех, кто едет справа.
При этом имеет смысл обратиться в муниципалитет для того, чтобы ошибку исправили