Как выехать с ребёнком в Крым, если согласие отца получить невозможно, так как его местоположение неизвестно матери?

Если вы из России, и ребёнок едет с одним из родителей, то согласие от 2-ого родителя не требуется.
Но ребёнок должен быть вписанным в ваш гражданский паспорт, и у него в свидетельстве о рождении должна стоять печать о гражданстве. Если этой печати нет, поставьте её в паспортном столе.

"Уж сколько раз твердили миру"
Чтобы не слушать сказки, про то, как спокойней, безопаснее и проч. - обратимся к первоисточнику:

Федеральный закон "О порядке выезда из РФ и въезда в РФ" > Глава III. Порядок выезда гражданина Российской Федерации из Российской Федерации

Статья 20. Несовершеннолетний гражданин Российской Федерации, как правило, выезжает из Российской Федерации совместно хотя бы с одним из родителей, усыновителей, опекунов или попечителей. В случае, если несовершеннолетний гражданин Российской Федерации выезжает из Российской Федерации без сопровождения, он должен иметь при себе кроме паспорта нотариально оформленное согласие названных лиц на выезд несовершеннолетнего гражданина Российской Федерации с указанием срока выезда и государства (государств) , которое (которые) он намерен посетить.
Организация выезда из Российской Федерации для отдыха и (или) оздоровления группы несовершеннолетних граждан Российской Федерации, оставшихся без попечения родителей и находящихся в организациях для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, осуществляется юридическим лицом, отвечающим установленным требованиям, на основании разрешений на выезд из Российской Федерации каждого такого несовершеннолетнего гражданина Российской Федерации, выданных органом опеки и попечительства, и договора об организации отдыха и (или) оздоровления таких несовершеннолетних граждан Российской Федерации, заключенного между юридическим лицом, органом опеки и попечительства и организацией для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей. Порядок выдачи органами опеки и попечительства разрешений на выезд из Российской Федерации несовершеннолетних граждан Российской Федерации, оставшихся без попечения родителей и находящихся в организациях для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, существенные условия договора об организации отдыха и (или) оздоровления таких несовершеннолетних граждан Российской Федерации, а также требования к юридическим лицам, выразившим намерение заключить указанный договор, устанавливаются Правительством Российской Федерации.
Органы опеки и попечительства ведут учет несовершеннолетних граждан Российской Федерации, указанных в части второй настоящей статьи, выехавших из Российской Федерации для отдыха и (или) оздоровления, а также осуществляют контроль за их своевременным возвращением в Российскую Федерацию в порядке, установленном Правительством Российской Федерации.

Комментарий ГАРАНТа
См. комментарии к статье 20 настоящего Федерального закона

Комментарий ГАРАНТа
Федеральным законом от 23 июля 2008 г. N 160-ФЗ в статью 21 настоящего Федерального закона внесены изменения, вступающие в силу с 1 января 2009 г.
См. текст статьи в предыдущей редакции
Статья 21. В случае, если один из родителей, усыновителей, опекунов или попечителей заявит о своем несогласии на выезд из Российской Федерации несовершеннолетнего гражданина Российской Федерации, вопрос о возможности его выезда из Российской Федерации разрешается в судебном порядке.
Порядок подачи заявления о несогласии на выезд из Российской Федерации несовершеннолетнего гражданина Российской Федерации устанавливается уполномоченным федеральным органом исполнительной власти.

Ответы на данный вопрос всегда разные, я думаю всё зависит от хохлов на границе. Можно спокойно поехать отдыхать в Краснодарский край.

Мы в прошлом году ездили в Украину, так с нами ехали мамочки с детьми, они были сами удивлены что на границах у них не спросили согласие (доверенность) от отцов. Мы делали и будем делать так спокойней и безопасней. Действительно ребенок должен быть вписан в ваш паспорт и на свидетельстве о рождении должна стоять печать о гражданстве ребенка.

а вы разведены?

Года 4 назад отменили согласие от отца, если переезжает границу Украины ребёнок с матерью ( и наоборот ). Ехали мать, отец, два сына в 2009 году. С этого года ввели обязательное подтверждение гражданства РФ у ребёнка. Представляете - мать с отцом с российскими паспортами, а надо подтвердить, что ребёнок не гражданин Зимбабве. У нас не было красных печатей на свидетельствах. Я про них и не слышала. Выход найден.
Короче, приходить пограничник. "Нет штампов ..." Я ему: "По российскому законодательству рожденные на территории России являются гражданами России, дети в Москве родились. Оба родителя - граждане России, наши паспорта граждан РФ у Вас в руках. Какое ещё нужно доказательство, что у детей российское гражданство? Другого гражданства у них и быть не может. "
"Нужны штампы. Один родитель может ехать, другой с детьми выходит из поезда ".
Тогда в бой вступает тяжёлая артиллерия. С кряхтениями и позами утки, со всеми полотенцами компании РЖД, найденными в вагоне, под блузой я медленно спускаюсь с верхней полки. 8 месяц - не меньше. Но могу родить прям ЩАС. 2 часа ночи. Сыновья 5 и 6 лет спят на нижних полках. "Хорошо, я сейчас собираюсь",- говорю. Ушёл пограничник с испариной - не обломилось. Типа, езжайте уж. (Ну, это я в детстве книжек много читала. Бабеля вспомнила... )
Но на обратной дороге ещё веселее было. Приходит мерзопакостная тумбочка, в смысле пограничница, похожая на тумбочку, узрела - штампов нет, обрадовалась. Но видит - платить никто не собирается - за начальством своим побежала, думала нас испугать. У меня другая тактика, полотенца не нужны. Объясняю про место рождения, гражданство родителей, под конец: " А если мы нарушили законы Украины, департируйте нас в Россию - мы, кстати, туда и едем". Потоптался пограничник - и смылся.
Пошёл через минут 15 муж к проводнице воды налить, а ему проводница рассказывает: " Пришел ко мне начальник пограничный тоже воды попить, а к нему тумбочка: " Ну ШО? " - "Да НИШО". - " Да ты ШО? Щемить их надо". - "Да ты бабу его видела? " Смеялись мы до самой Москвы.
Я хоть и родилась, и выросла на Чистых прудах, но в паспорте СССР у меня было записано: "украинка". "Где хохол с граблями прошёл - там еврею с расчёской делать нечего" - это про меня.