Если из проекта After Effects ренрить в Canopus DV или Microsoft DV, будет теряться качество если потом использовавать

Во- первых, сжатие DV является сжатием с потерями, и разумеется, будет
снижение качества. На сколько? Думаю, что вам вполне под силу вывести два коротких
клипа и сравнить результат. Если результат вас устроит, какие проблемы? Лично я бы
для экономии дискового пространства воспользовался mjpeg кодеком который дает
лучшее качество за счет более высокого битрейта (но только если исходник не подвергался
DV сжатию! )
Во-вторых, размер файлов без компрессии, вовсе не ограничен 1Гб, внимательно проверьте
длительность композиции.

качество изображения будет зависеть от выбранных настроек (разрешение и тд) и соответственно дальнейшая работа с ними с теми же настройками.
Canopus DV или Microsoft DV - это кодеки, а сохранять из АЕ или Premiere, лучше без компрессии .. а потом уже пережимать тем же VirtualDub или Canopus ProCoder

DV (Digital Video) разрабатывался и используется как бытовой. Как любой цифровой сигнал, он не ухудшается с течением времени (чему подвержены аналоговые записи) и не претерпевает никаких изменений даже при многократном копировании. Это потребительский, полностью цифровой формат видео, который можно разделить на три категории: MiniDV, DVCPro-25 (формат фирмы Panasonic) и DVCAM (Sony). Если вы будете снимать тремя разными камерами в этих трех форматах при одинаковых условиях, с одинаковым освещением, с одинаковыми линзами, то качество записи будет одинаковым на всех трех, несмотря на различия в способах записи видео на кассету. Именно поэтому их все можно отнести к группе форматов DV.