Что во что лучше перекодировать, mpeg в mp4 или наоборот. И чем? Для сохранения HD качества и последующего монтажа...

К сожалению, Игорь Михеенко путает понятия МПЕГ-4 (видео формата AVI, ужатое кодеком DivX или аналогичным) и mp4 - "контейнер", отличный от AVI и легко без потерь конвертируемый в него (например, программой mp4cam2avi), содержимое которого может быть ужато смыми разными кодеками.
Большинство видеомонтажных программ работает с видео формата AVI.
Если у Вас разрешение видеокадра выше чем 720х576 - это HD-video, и с ним удастся работать далеко не во всех видеомонтажных программах. Смотрите, какой формат исходного материала нужен видеомонтажной программе, в которой Вы решите работать, при необходимости - конвертируйте в этот формат.
И еще: учтите, что высокое разрешение кадра само по себе не гарантирует качества: камера должна иметь хорошую оптику. В частности, фирма Sony создала первые в мире любительские камеры высокого разрешения FullHD, однако качество объективов, которые они ставят на свои изделия, традиционно не на высоте. Sony - один из мировых лидеров в области электроники, но вообще не является оптической фирмой (а привлекать к изготовлению оптики корифеев этого дела, по примеру Panasonic'a, симбиоз которого с Leika породил Lumix, фирма Sony не хочет; надпись Zeiss на оправе ее объективов - лишь результат покупки права ставить этот бренд на свою продукцию).

У вас файл высокочёткого видео, раз хотите сохранить HD качество?
Какая у вас камера: HDV или AVCHD? Какой, соответственно, формат? Кодирование?
Предположим, что AVCHD (*m2ts). Напрямую его редактировать мучительно, ибо нужен ОЧЕНЬ мощный компьютер. Обладатели таких камер часто перекодируют AVCHD в Canopus HQ, далее работают уже в монтажной программе, легко и комфортно даже на среднем железе.

MP4 - это сжатый формат, в него можно кодировать на заключительном этапе для уменьшения размера видео. Почитайте о видеоформатах.
Там же по ссылке в конце страницы - как работать с форматами, какой формат нужно получить в итоге.
Если ваша камера пишет в DV, то лучше монтаж производить в этом же формате, а потом кодировать в MPEG-2 (DVD) или MP4 для уменьшения размера.

Зачем тебе что-то во что-то? ! Работай с оригиналом, а уж потом будешь кодировать как тебе надо