стоит ли заморачиватся с трехпроходным кодированием или хватит 2-х проходного

Суть однопроходного и двухпроходного кодирования. Различия.
Однопроходное кодирование или кодирование в один шаг: Кодирование сразу начинается с первого прохода по заданному битрейту. Видео будет кодироваться с постоянным битрейтом, который вы указали, независимо от сложности сцен, движения и др. Недостаток — избыток битрейта на простых сценах и недостаток битрейта в сложных сценах, вследствие чего в сложных сценах (такие, где много движения) будет заметная потеря качества изображения. Чтобы снизит потери качества, нужно завышать битрейт, вследствие чего видео будет больше. весить.
Двухпроходное кодирование или кодирование в два шага: В первом проходе ничего не кодируется, а только определяются и записываются сцены во временный файл, определяется, в каких сценах, на каких именно фреймах происходит интенсивность движения. Интенсивность определяется по значительному различию между соседними кадрами. Вычисляются простые сцены (с минимумом движения) и сложные сцены (с максимумом движения) , на простые сцены выделяется минимальное количество битрейта, а на сложные — максимальное (причем он может быть выше, чем вы указали в настройках) , т. е. сэкономленный на простых сценах битрейт используется в сложных сценах. Во втором проходе идет процесс кодирования. Тут информация берется из временного файла, записанного на основе первого прохода. И на основе этой информации на всем протяжении видео выделяется нужный битрейт практически в каждый кадр, т. е. Видео получается с переменным битрейтом.
Если в вашем видео много движения, разумно применить двухпроходное кодирование. А вот если вы снимаете статическое видео (например лекцию) , то в этом случае достаточно будет применить однопроходное кодирование.
Можно конечно произвести и ещё проходы, говорят, что это может "ужать" файл ещё на какие-то мегабайты и улучшить качество картинки. Я этого не заметил, но Вы можете попробовать.

Про трёхпроходное кодирование слышу впервые.
Двухпроходное обычно дает более хорошие результаты, чем однопроходное.

Одного хватит. Уже и так всё закодировал, что мы ничего не поняли. У нас штатный экстрасенс в отпуске, понимаешь? ))

Да. Стоит.
Но зависит от самого видео.
Понятно, что если это.. . ну там. . лекция,
то и одного хватит.
Если видео с движением. Сильным.. .
То 2 - минимум.

ходят слухи что стоит делать трёхпроходное в коротких роликах
http://www.linux.org.ru/forum/general/4505602#comment-4506794