Уходит ли часть калориев вместе с каловой массой ?

Вся еда попадает в желудок, а затем в тонкий кишечник, где усваивается большая ее часть. То, что не будет усвоено в кишечнике, покинет организм естественным путем.

Но пищеварительная эффективность в организме человека высока. Жиры усваиваются на 97% (если вы съедите 100 грамм чистого жира, усвоятся 97 грамм). Животные белки — на 90-95%, а растительные — на 80%. Усвоение углеводов зависит от содержания клетчатки. Но мало кто ест ее так много, чтобы это как-то повлияло.

Люди усваивают еду по-разному, но разница — не более 100 калорий в день. Конечно, в случае болезней ЖКТ все совсем по-другому, но мы здесь это не рассматриваем.

Калории уходят и с мочей!

Вы попали в самую точку - это самый верный способ усечь энергетическую разницу между субстратами, которые вошли и вышли. Но учитывать надо всё.

уходит. Например, те у кого запоры могут дополнительно страдать ожирением

Если говорить о нормальном пищевом поведении, то есть когда человек есть только чтобы утолить голод, без экстремального переедания, "заталкивания" еды чуть ли не силой, то в каловые массы идет только то, что не переваривается в организме, то есть то, из чего не извлечается ничего полезного, ни энергии (те самые калории), ни микро- макроэлементы.

Так что мне кажется при нормальных условиях количество калорий в кале минимально, и их не следует учитывать (вычитать) в диете, если конечная цель вопроса лежит в области диетологии и похудении, считать нужно лишь "входящие" калории.