Как правильно уволиться генеральному директору из ООО

Правильно уволиться надо так, как прописано в вашем трудовом договоре. Смотрите его.
В любом случае в Трудовом кодексе предусмотрено следующее:

Статья 280. Досрочное расторжение трудового договора по инициативе руководителя организации

Руководитель организации имеет право досрочно расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя (собственника имущества организации, его представителя) в письменной форме не позднее чем за один месяц.
Также Трудовой кодекс (Глава 43. Особенности регулирования труда руководителя организации и членов коллегиального исполнительного органа организации) начиная со статьи 273. Общие положения читайте, чтобы не остаться кругом виноватой.

Кроме того, согласно Федеральному закону от 8 августа 2001 г. №129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» (далее – Закон) прежний директор будет считаться уволенным только после внесения изменений в ЕГРЮЛ, так что уволены Вы будете только после всех этих процедур. Подробнее порядок можно посмотреть здесь
http://nash-aktiv.ru/smena-generalnogo-direktora-kak-vnesti-izmeneniya-v-egryul
То есть по любому надо добиваться встречи с учредителями, проведения общего собрания, принятия решения о вашем увольнении (и назначении нового ген. дира) , составления соответствующего протокола, затем выполнить всю процедуру внесения изменений.
Езжайте к ним домой, трясите, в конце концов, Вы - на данный момент главное действующее лицо в фирме и несете полную ответственность (в том числе юридическую, административную и финансовую) за функционирование фирмы.
Не дают денег со счета - из кассы возьмите, только обязательно полностью и правильно все оформив. Или в подотчет, потом разберетесь.

Очень просто: телеграмму с заявлением . Через 2 недели не выходить. Дальше, увы через суд о производстве записи в трудовую и об оплате вынужденного прогула и имеющейся задолженности. А то что вы не имеете доступ к счету - даже хорошо в этой ситуации. К вам никаких материальных претензий.