Работник обязан подчиняться работодателю во всём?

Вы обязаны выполнять только те обязанности и условия, за которые расписались.
Расписаться Вы должны были в:
1. двух экземплярах трудового договора
2. должностной инструкции
3. правилах внутреннего трудового распорядка
4. других локальных нормативных актах, если они есть в компании (коллективный договор, положение об оплате труда и т. п. )
5. инструкциях по охране труда и технике безопасности
Таким образом, поставив свою подпись под данными документами, Вы декларируете, что обязуетесь исполнять все пункты, прописанные в них.
Если ничего не подписывали - по закону с Вас спросить нельзя ни о чём.
В общем - внимательно читайте всё, что дают подписать. И никогда не идите на поводу у работодателя и не подписывайте документы "задним числом". Просто при подписании - обязательно ставьте текущую дату.
И помните, Ваш работодатель - это не хозяин Вашей души, а всего лишь временный человек, дающий Вам работу.

Если запретит посещать в рабочее время туалет, то будете подчиняться?

только то, что прописано в трудовом договоре.
Да и плевать на его злобу - ты человек, а не личная вещь. Пусть хоть укакается от злости..

С юридической точки зрения только по тем вопросам, которые предусмотрены трудовым договором (трудовым соглашением) между работником и работодателем

заряди начальнику пинок под зад и иди новую работу искать

В рамках трудового договора, да

по договору