Как следовало бы поступить начальнику цеха?

В любом случае начинать разбирательство при других не стоило.
Мастер, безусловно, не прав. Даже если перед этим он работал допоздна, ничто не мешает в наш цифровой век сообщить ДО начала совещания, что по тем или иным причинам Вы не сможете придти на него вовремя. Можно было ещё с вечера оставить начальнику записку, что ушёл с работы поздно и утром будет отсыпаться. Когда "срочно требуется продукция" начальство обычно в курсе ещё в течение рабочего дня, что кому-то придётся сегодня остаться на переработку - можно было в этот момент сказать, что, если время на работу затянется, то велика вероятность того, что утром человек проспит.
Раз ничего этого сделано не было, значит, мастер принял самостоятельно решение, что он сможет и полночи работать и с утра вовремя придти. А раз принял решение - за него надо отвечать.
Но несмотря на всё это, начальнику цеха стоило завершить совещание, не касаясь этого вопроса, после выяснить причины и последствия с мастером наедине, а уже потом довести свои решения до всех остальных сотрудников.

Может он терпеть не может опоздунов.

Надо было сделать предупреждение, и, если еще раз повториться-уволить, а если было ри раньше-уволить.

Не отвлекаться от проведения совещания, сделать вид, что не заметил опоздания. После совещания выяснить у мастера почему тот опоздал. Вполне возможно причина уважительная.

Тет-а-тет высказать свое недовольство.