на работе совершена кража

Вот и собирайте доказательства.
Почему конкретно не мог? Не мог, потому что "он хороший и он не мог этого сделать" или не мог потому, что его на работе в тот день не было и он вообще уезжал?
Вспоминайте. Мы не знаем.

А ему и не надо доказывать. Есть презумпция невиновности. Доказать должны те, кто так обвиняет его в краже. В любом случае ловить вора-дело полиции, а не доморощенных сыщиков-любителей.

Если сумма крупная и украсть могли только свои, то отпечатки вряд ли помогут. Вызывайте полиграфолога, пусть проверит хотя бы того, кого обвинили. А в идеале всех, кто мог быть к этому причастен

вот пусть милиция и разбирается, коли так. доказывается виновность! зачастую бывает что на конкретных людей подозрение падает и соответственно отношение к ним меняется.. но спустя много времени выясняется что это вообще третьи лица совершили к коллективу отношения не имеющие...

Пусть предоставят конкретные доказательства-видеозапись в момент кражи, например.

Вызывайте полицию

Чисто юридически надо доказать обратное что только он мог украсть. Применить такой метод ко всем сотрудникам, путем исключений сузить круг подозреваемых. Дальше все в ваших руках, но когда подозреваемых несколько отношение к сотруднику у коллектива будет другое. Несколько примет, кто яростнее всех обвиняет скорей всего имеет отношение к кражи. Пока не будет найден вор, обвинение будет висеть над всеми подозреваемыми .