Cотрудник отработал с июня, в августе берет день в счет отпуска. Как правильно оформить и расчитать?

Самый простой выход - записать в блокноте, что он берет день, а когда сотрудник пойдет в отпуск - предупредить, что он должен выйти на день раньше. Тогда получится, что взятый день он якобы отработал.
Либо можно заставить его взять один день отпуска и рассчитать как положено.