Несмотря на то, что аэропорт очень маленький, в нем есть транзитная зона. Загвоздка лишь в том, летите вы одной а/к или двумя разными. Если двумя разными, то вам нужно будет зарегистрироваться на рейс в Таллине в основной зоне порта, а также зарегистрировать ваш багаж. Если а/к одна, то регистрируетесь в Москве (ну или откуда вы вылетаете) сразу до Парижа, к примеру, и спокойно по прилету переходите в транзитную зону и там ждете своего вылета. Проходить паспортный контроль и таможенный в этом случае будете во Франции.
Вы также можете также уточнить этот вопрос на стойке регистрации.