После переустановки виндовс все что было на диске Е перезаписалась на диск D и наоборот. Что делать? как исправить?

ничего никуда не перезаписывалось, у тебя буквы дисков местами поменялись.

Просто пометь букву диска с помощью какой-нибудь программы.. . Или поискать в управлении дисками в настройках системы.. . Но вопрос, а зачем вообще менять?

это не переписывалось просто буквы на дисках поменялись местами по какой причине не скажу, а поменять только можно в управлении дисками там переименуй буквы дисков как нужно, но сперва обзави допустим диск Д любой свободной буквой а дальше уже как нужно. просто диск не даст обозвать занятой буквой