Может ли суд освободить от выплаты пени?

На то и суд, что бы принимать окончательные решения в спорных вопросах. Суд имеет право на основании изученных метериалоав дела как отменить пени, так и оставить их.

Или если больно крутые пени.

Конечно может, ообенно в тех случаях, когда есть отмена решения или изменение размера выплаты и т. д.