Могу только предположить правомерность решения суда, будет необходимость дополните, потому, как вопрос составлен не корректно.
Ребенка сняли с рег. учета не одного, а вместе с Вами. Ребенка без родителей (ля) одного снять с рег. учета НЕВОЗМОЖНО! !
На основании ст 20 ГК РФ несовершеннолетние дети должны проживать по месту проживания их родителей (ля) .
В квартире, из которой Вас с ребенком сняли с рег. учета у Вас было только право пользования (не было даже доли собственности) .
На этом основании собственник, а его права определены ст 209 ГКРФ) ,на основании ст. 31 ЖК РФ ( не являетесь членом семьи) , подал иск в суд о снятии с рег. учета Вас и ребенка, либо по другим основаниям:
ст. 83 ЖК РФ ( не проживали и не платили коммунальные платежи) ,
либо ст 10 ЖК РФ ( не вселялись после регистрации, а значит утрачиваете право на регистрацию)
Анализируйте правомерность, раз нет конкретного изложения ситуации. В прокуратуру обращаться бессмысленно.