ооо по усн может сотрудничать с ооо по осно и кто будет платить ндс

Может, конечно, кто ж им запретит?
Кто по закону должен платить НДС, тот и будет.
ООО на УСНО не платит НДС, так как оно освобождено от уплаты НДС. Оно не может выставлять счета-фактуры с выделенным НДС. УСНО-шное ООО выставляет счета без выделения НДС, вся сумма таких счетов целиком принимается на основное производство (20) в организациях на ОСНО. (без зачета НДС) .
При получении оплаты ООО на УСНО учитывает всю сумму как доход.
При оплате счета с выделенным НДС ООО на УСНО всю сумму учитывает как расход.

ООО на ОСНО выставляет счета-фактуры с выделением НДС в отношении продукции (работ, услуг) , по которым оно платит НДС. При получении оплаты по таким счетам НДС уплачивается в бюджет или засчитывается в счет НДС по полученным товарам (работам, услугам) .
При оплате счета без выделения НДС ООО на ОСНО всю сумму записывает на сч. 20 - основное производство.