(В самом низу (конечного ствола) почернел и покрылся какими-то мелкими светло-коричневыми точечками, а верхний конец ствола зелёный и как ни в чё не бывало нормальный, в отличие от его нижнего конца). 
Срезать до здоровой ткани, замазать фундазолом. Если нет, древесным углем, корицей, в крайнем случае, растолчённой таблеткой активированного угля (как временная мера, но искать фундазол) . При поливе не лить на стебель и не опрыскивать. Полить с фитоспорином, с ним же протереть листья.
Я заказывала фундазол здесь: http://www.udobrenianata.ru/component/virtuemart/?category_id=7&page=shop.browse&limit=20&start=20
Если Ваше растение посажено в стеклянный горшок с одной только дыркой внизу, то придётся пересадить в пластиковый со сножеством дырок, иначе сгниёт растение. Посмотрите мастер-класс о том, как сажать фаленопсис, возможно гниль из-за ошибок в посадке. Те, кто хотят выращивать в стеклянных - относят их в мастерскае, и делают два ряда дырок (по бокам в середине и внизу) , и хотя бы дырок 5 на дне.
Если стеклянное - это кашпо (лучше бы не надо) , то в нём никода не должна быть вода.
Мастеркласс "Пересадка Фаленопсис": Часть I, Часть II.
http://plor.ru/vyrashivanie.shtml
Обрезать его от греха покороче и замазать срез обычной зелёнкой. И при поливах старайтесь хотя бы с месяц срез не мочить.
Я бы не стала замазывать зелёнкой. Неизвесно до какого места дошла гниль. Если есть возможность оставить негнилой пенёк 1 см. , то, можно и зелёнкой. А, вот, если придётся до ствола вырезать, то спитр может так высушить, что будет уже нечего спасать.
срезать
⇢