надо обратиться в районный паспортный стол (там, где регистрацию-прописку делают) . И там точно конкретно скажут, какие документы и как подавать. Там есть образцы заявлений и проч.
С заявлением, свидетельством о рождении и согласием мамы в ЖЭК или в сельсовет.
Папа с мамой приходят по месту новой регистрации, подают заявление, Со старого места регистрации ребенка снимут автоматом.
Папа с документами (паспорт, св-во о рождении) обращается в УФМС по месту своего жительства и в течении 3-х дней они будут зарегистрированы.
Иногда сотрудники ФМС требуют согласие второго родителя (при раздельном проживании родителей) .
Внимание: данные требования НЕ ЗАКОННЫ! органы ФМС являются исполнительными и предоставляют услугу, не более того.
Требуйте письменный отказ в принятии документов подписанный начальником ФМС.
Далее в суд и жалобу в прокуратуру... об этом можно сказать устно. Как правило вся делема на этом и заканчивается.