папки. Объясните для чего нужны папки и в чем их разница? Program Files и Program Files (х86)

Та, что с (x86), - для 32 битных программ, а первая (без x86) - для 64 битных.
Подобная ситуация возникает в случае 64 битной Windows, когда можете работать и с 32 битными и с 64 битными приложениями.