По каким пунктам в 1сбух 8.2 оформить отпуск без сохранения зарплаты на перавые две недели, но заплатив остаток за месяц?

отпуск без сохранения заработной паты подтверждается только заявлением работника и табелем,
поскольку в 1С не кадровой Вы это табелем не показываете,
то в 1с бухгалтерии получается, что вы ничем его не показываете, начисления за месяц делаете только по фактическому отработанному времени, а в комментарии к файлу можете отметку сделать,
сам такой отпуск в справку 2-НДФЛ не попадает-поскольку начисления и выплат нет
получится что за фактичекси отработанное время начислена, выплачена зарплата, начислены налоги
потом человек работает в обычном режиме