Написал в протоколе "не согласан" какая процедура следует дальше? через 2 месяца протокол теряет силу?

Если дело будет рассмотрено в органах внутренних дел - вызовут в группу разбора, после чего вынесут постановление в двухмесячный срок. Могут вынести постановление о проведении административного расследования.
Если рассмотрение дела подведомственно суду - вызовут в суд и в течение трёх месяцев будет принято решение суда.
Это общие сроки давности, специальные - смотрите в ст. 4.5 КоАП РФ.
И там, и там - необходимо заранее готовиться к своей защите, заранее готовить письменные объяснения и ходатайства, например, я написал вот здесь (это, в основном, для суда) образцы необходимых заявлений и ходатайств, которые помогут Вам в отстаивании своих прав и защите от необоснованного обвинения в правонарушении:
http://blogs.mail.ru/mail/pug-adv/6AE6EA55A0E60878.html#6AE6EA55A0E60878

Ваше согласие или несогласие с протоколом об АП при отсутствия убедительного объяснения, почему именно вы не согласны, никакой роли при вынесении постановления иметь не будут. Если лицо обладающее правом вынесения постановления по делу об административном правонарушении посчитает составление протокола правомерным и наличие состава правонарушения доказанным, то у вас будет десять дней после вынесения решения на его обжалование и месяц после этого для уплаты штрафа, если будет вынесен.

ответы выше все правилные. но если вам не придёт повестка, то за истечением сроков давности вашэ дело закроют за истечением срока давности.
Иногда так бывает. протоколы теряются или просто лень