имеют ли банки отказать в закрытии счёта если кредитная сума выплачена . ссылаются на внутриний регламент

читаем договор там ВСЕ написано

А Вы читали это внутренний регламент? Если нет - потребуйте показать, при этом обратите внимание на кого этот регламент распространяется. В договоре должно быть все прописано - как и когда открыт счет, как и в какие сроки происходит гашение кредита, как и когда должен быть закрыт этот счет и т. п.