Можно ли оплачивать льготные коммунальные платежи по месту фактического проживания, а не по месту прописки?

Нет, льготные платежи не можете.

Вы можете обратиться в ЖЭУ по месту жительства (по месту прописки) с заявлением об освобождении от уплаты коммунальных платежей в связи с их оплатой по месту фактического проживания!
К такому заявлению необходимо будет приложить документы, подтверждающие Вашу временную регистрацию по месту фактического проживания, а также квитанции об оплате коммунальных услуг в качестве доказательства, что Вы оплачиваете коммунальные платежи по месту фактического проживания.

Только по месту регистрации.

Получение льгот возможно при доказанности вашего преимущественного проживания по месту временного пребывания, а это делается в судебном порядке.

P.S. А оно Вам надо?