Как прописаться в доме если собственник жилья согласен на прописку но в силу обстоятельст находиться в другом городе

Прописаться никак не получится, потому что прописку отменили 20 лет назад.
Для регистрации в жилом помещении Вам необходимо иметь документ, подтверждающий Ваше законное вселение и согласие собственника, тем более его присутствие, абсолютно не нужно.

Документом, подтверждающим законное вселение, может быть договор коммерческого найма или договор безвозмездного пользования жилым помещением.

Вопрос решается очень просто. Собственник почтой высылает Вам Договор, подписанный им, Вы, в свою очередь, подписываете его и идёте в УФМС для регистрации.