можно ли вернуть 13% от покупки квартиры приобретеную в 2003году

Можно.
Имущественный вычет на приобретение жилья - бессрочный, т. е. заявить его можно сразу, а можно и через десять лет. Единственно максимальный размер вычета для Вас не превышает 1 млн. руб. (так как в 2003 году он был именно такой) .
Так что, если у Вас были доходы, облагаемые по ставке 13 % (например, зарплата) , в 2012, 2011 и 2010-ом годах (во всех или в каком-то одном) - смело можете применить вычет к ним (сдать декларации и получить возврат налога за эти года) . А можете: собрать пакте документов, получить уведомления для работодателя и налог с Вашей зарплаты не будут высчитывать в этом году.

Нет. Истек срок давности.

Нет. Надо было документы сдавать 2003-2006 годы

Существует срок исковой давности. Гражданин может подать налоговую декларацию и получить вычет только в течение трех лет с момента приобретения жилья

Конечно, можно !
Срока давности для подачи заявления на предоставление имущественного налогового вычета нет !