можно ли вернуть 13% за покупку квартиру после 6 лет

Можно.
Имущественный вычет на приобретение жилья - бессрочный. Один раз возникнув, право на него никуда не девается, поэтому воспользоваться им можно в любое время. Правило о трех годах в данном случае означает не то, что вычетом можно воспользоваться только в течение трех лет с момента покупки квартиры, а то, что применить его можно не более чем к трем предшествующим текущему годам. То есть в 2013-ом году Вы можете заявить вычет на приобретение жилья и применить его к доходам 2012, 2011 и 2010 гг.
От года возникновения зависит только максимальный размер вычета: если Вы купили квартиру 6 лет назад, т. е. в 2007-ом году, то возврат возможен с суммы не превышающей 1 млн. руб.