Работаю на двух работах, на одном месте сделали вычет по коду 114,а на другой нет, как отразить это в справке 3-НДФЛ,

Ну, это абсолютно правильно - этот вычет предоставляется только по одному месту работы
Далее:
Так как у Вас два места работы и, соответственно, две справки 2-НДФЛ - при заполнении декларации 3-НДФЛ Вы должны:
- в листе Ж1 - суммировать данные обеих справок - просто складываете по месяцам доходы с обеих справок и вписываете в соответствующие строчки; в показателе 1.3 - отражаете количество месяцев, в которых Ваш доход (общий, суммированный) не превысил 280 тыс. руб. ; в показателе 2.4 - высчитываете сумму вычета (количество месяцев х размер - если первый ребенок 1400 руб. . если на двух - по 2800 руб. и т. п. )
- в листе А - Вы должны заполнить данные по первой и по второй работе отдельно - там возможно указать несколько источников дохода.