два человека выписались еще в апреле, но перерасчет по воде, сказали, могут сделать только за 3 последних месяца?

При отсутствии приборов учета потребление коммунального ресурса (воды) определяется установленным нормативом потребления на одного человека и количеством проживающих (зарегистрированных) в конкретном жилом помещении.
Раз Вам начислили плату на завышенное количество потребителей, Вы имеете право требовать возврата излишне начисленных и уплаченных денежных средств (или пересчета) в пределах общего срока исковой давности (ТРИ года) .
При отказе Вашей УК (или кто там Вам отказал) можете обрщаться с жалобами и в гос. жил. инспкцию, и упраление Роспотребнадзора, и в прокуратуру.
А также в суд.
Удачи