Выставляют ил счета-фактуры на пени?

Если ИП НЕ на УСН, то есть если вы ПЛАТЕЛЬЩИКИ НДС,
налоговики будут придираться, требовать, чтобы вы начислили и уплатили НДС, выписали сч/ф, хотя вопрос спорный.

Если вы на УСНО, то этого делать не следует.