Купили участок и на нем жилой дом для круглогодичного проживания. Находится в СНТ, но в черте города. Положено выплата 13%?

подавайте пакет документов в налоговую.
Один раз в жизни положено всем налогоплательщикам

Переводите в жилое помещение, если сумеете. Потом подадите в налоговую.

Сдавайте 3НДФЛ! И станет ясно!

Читайте ст 220 НКРФ в п 1 пп2) там четко указано за какие виды недвижимого имущества можно получить этот вычет
"2) в сумме фактически произведенных налогоплательщиком расходов:
на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, земельных участков, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков, на которых расположены приобретаемые жилые дома, или доли (долей) в них; "
Как видите, купленный Вами участок с домом в этот список не входят. СНТ-это не ИЖС и дом там не является жилым (в юридическом смысле, а не по сути)
Умудритесь перевести назначение дома в ЖИЛОЕ и участка из СНТ в ИЖСвперед, в налоговую за деньгами. Но этот перевод нереален.