Каким образом избавиться от неформальных групп в организации? Или как минимум сгладить отношение.

Во первых, следует определить вожачков. Потом решить кто более полезен организации, а после этого одного из бесполезных убрать.
как правило один из вожаков просто неконструктивный горлопан