Входит ли договор купли-продажи в проценты агентсва или же его стоимость будит учитываться отдельно??

В данном случае "мухи и котлеты" отдельно. Никакой "идеи" быть не может.
Вы заключаете договор купли -продажи с продавцом платите ему за купленную квартиру стоимость указанную в договоре.
Если привлекаете для сопровождения сделки агента, заключаете с ним договор и согласно договора за оказанную им услугу выплачиваете денежное вознаграждение . Все!