Это не «её рабочее место» . Поэтому, как только основной сотрудник приступит к работе, чьи обязанности она исполняет временно, она будет абсолютно законно уволена по ст. ст. 261 ТК, т. к. срок договора истекает с выходом на работу основного сотрудника. Отпуск по уходу ей предоставлять не обязаны, соответственно и не оплатят. НО (!) Если до ухода её в отпуск по беременности и родам не выйдет основной сотрудник, то ей будет предоставлен отпуск по БиР и возможно отпуск по уходу за ребенком. Все зависит от того когда выйдет на работу основной сотрудник.
Ну а в данном случае,... как только истечёт срок договора, её уволят без права получения отпуска.