1080/50i Запись в формате HD (1920x1080/50i) сжатие mp4 чем перекодировать для работы в pinnacle с мин. потерями в кач.

Интересно, а нафига перекодировать? Пиннакла его и так кушает. Другое дело, какой версии Пиннакла? Надеюсь, не 9.х?
Как вариант: при установке Глюннаклы не активированы кодеки, ведь она использует свои собственные "аналоги".