Популярны ли сейчас дизельные мотоциклы? Какие современные модели выпускаются с дизельным двигателем?

Никогда не слышал. Сейчас выпускают только бензиновые. А смысл? - сейчас даже 95-й дешевле дизеля, и мотоцикл не так много "кушает".

из-за низкого КПД на малых объемах двигателя, а главное, - несравнимо больший вес, по сравнению с алюминием.. . что говорить, на 50м3, умудряются при 13000 об. получают 50 л. с, а масса мотоцикла меньше 100 кг.. . это я про кросс

Первый в мире серийный дизельный мотоцикл, насколько я помню, выпустили в 2006 году в Нидерландах.
На сегодня есть серийный трехцилиндровый байк Track с мотором Даймлер-Бенц от Смарта. Потребление топлива - 4 литра на сотню. Мощность 45 л. с. , зато крутящий момент - 100 Нм! Фактически - это "трактор на двух колесах". Если прогресс турбодизелей такими темпами пойдет и дальше - лет через 20 мотоциклетные турбодизельки сравняются с бензиновыми двигателями.

По поводу стоимости топлива - в Украине, например, горючее стоит гораздо дороже, чем в России, поэтому к стоимости километра пробега здесь относятся более "скрупулезно".

Единственный более-менее серьезный проект дизельного байка назывался Neander, не знаю пошел в серию или нет - http://thekneeslider.com/neander-turbo-diesel-motorcycle/

Ещё можете загуглить Panzerbike - отличный дизельный V12 байк.