Рабочий стол, это такая же папка, как и все остальные. Поэтому ее можно спокойно открыть в проводнике "C:\Users\Имя\Desktop" или "C:\Users\Имя\Рабочий стол" и отсортировав по дате создания убрать все лишнее за пару секунд.
P.S. Ну или научиться работать с командной строкой Windows и еще сочетанию клавиш ctrl+z, которое тоже работает для папок (в т. ч. и рабочий стол).
а в bat'нике, что написал? Убрать, можно из командной строки, с помощью удаления всех файлов с определённым расширение (в нашем случае это, если не ошибаюсь - *.dir) То есть команда - "del *.dir" . Но не забудь сохранить все папки, в которых лежит важная для тебя информация.
P.S: а на название батника, ты не забыл посмотреть?
Самое простое, это удалить все с рабочего стола в корзину. А потом восстановить только необходимые файлы/ярлыки, анализируя тип и дату создания.