Из-за задолженности по налогам, запретят ли перелёт по России???

Нет, не запретят, уверяю!
Сам летаю даже без прописки. Все всегда было нормально!

Запрещают выезд ЗА пределы РФ, а внутри-пожалуйста, если вы не в федеральном розыске)

Да вы что! Нет конечно))

Кто вам его запретит? Пограничного контроля внутри России ещё не придумали..