Можно ли зарегистрировать ООО если прописка учредителя - директора в другом регионе, отличном от места регистрации ю. лиц

Можно, здесь не имеет значения где "прописан" учредитель.
Главное, ищите юридический адрес в том регионе, где собираетесь регистрироваться.