Подскажите, корень диска С должен быть чистым? Хочу удалить файлы: mini-agent,RHDSetup,setup,uninst.iss,USetup.iss ?

Удалите в корзину и перезагрузитесь. На загрузку винды эти файлы не повлияют, а если в автозагрузке висит какая-то программа, которой эти файлы позарез нужны, она обязательно сматерится. Остальное не трогайте.