Если вы сами будете прописаны в Смоленске, то можно будет прописать и детей. Для этого предварительно выписываться из Москвы не нужно. При этом, при прописке детей к родителям или одному из них норма жилой площади не учитывается и ничьего согласия не требуется. . При регистрации по месту жительства в Смоленске из жилого помещения в Москве выпишут автоматически. Однако, у вас могут потребовать согласие матери детей на регистрацию ( прописку) по вашему месту жительства, с которой вы, как я поняла, проживаете раздельно, формально или фактически или то и другое одновременно.
Также могут возникнуть сложности и с вашей регистрацией, если квартира в Смоленске находится в муниципальной собственности и при вашей регистрации в ней норма учетной площади станет меньше установленного размера, что приведет к тому, что ваша семья может быть признана нуждающейся в улучшении жил. условий. Если смоленская квартира находится в собственности физ. лица ( лиц) , то подобных сложностей не будет.