Андрей. Дряхлов
Поисковикам без разницы, где находится сайт.
Ваш термин "плохо" не совсем понятен.
Есть термин "медленная" индексация сайта.
Есть термин "частичная" индексация сайта.
Есть термин "выпадение" страниц сайта из индекса.
Яндекс тоже индексирует хуже в этом случае.
Кто эт вам сказал?
Скорее уж запрсы поиска составлены не правильно.
Яндекс в сравнении с гуглой - детский отстой.