можно ли отменить соглашение соседей на перепланировку, заверенное у нотариуса, если пошли разногласия по размерам? . .

Соглашение на перепланировку - первый раз слышу
Соглашение об определении порядка пользования квартирой (жилой площадью) - слышала
Если проблема со вторым, то у нотариуса же составляете либо допсоглашение об изменении условий, либо соглашение о расторжении удостоверяется.

Но если допустить, что имело место первое, то и такое соглашение можно расторгнуть у нотариуса.

В обоих случаях присутствие всех сторон обязательно.