Может ли муж, который не имеет своих документов на торговлю, торговать в магазине жены?

Для мужа - трудовой договор, медицинскую книжку.
ИП придется завести всю документацию: локальные нормативные акты, книгу учета трудовых книжек, книгу приказов, и т. д и т. п.
И отчислять в пенсионный, фсс о пр.
Тогда контрлирующие органы к штрафу не привлекут.

В качестве кого он там торгует? Продавца? Своим, отдельным от товара жены, товаром, на которое требуется лицензия или особое разрешение?

Доход индивидуального предпринимателя -- совместная собственность супругов. Поэтому с мужем совсем не обязательно заключать трудовой договор и платить ему зарплату. К штрафу привлечь могут, но он успешно оспаривается, т. к. доказать, что отношения трудовые, а не семейные, налоговая не может.

Если вы его официально оформите его как продавца согласно ТК РФ кто к вам будет иметь какие либо претензии.

Да, как продавец. У мужа должна быть санкнижка в которой указывается место работы и должность. Вроде для продавца более ничего не требуется.
Протокол составляется при отсутствии медосмотра и при не соблюдение правил торговли, только на ИП.
В таких ситуациях говорят, что жена отлучилась по неотлагательному делу и попросила посторожить. А вот то что вы родственник не надо говорить. т. к сразу станет понятно что Вы частенько приторговываете и это уже вопрос санкнижки. По налогам им все равно, т. к. когда и сколько платит жена мужу в пенсионный фонд и т. д дело Вашей семьи добровольное. Я не плачу вообще ни какие налоги. Честно говоря это дело добровольное, кроме как в налоговую.