а как кастрация связана с тем, что пекинес часто метит?

Никак не связана. Кастрация может помочь с желанием метить в квартире (особенно, если есть другие кобели) , но с частотой меток не поможет точно, да и вообще не факт, что поможет с чем-то.
Надо проверить здоровье собаки - может у него с простатой проблемы или всей моче-половой системой, тогда да, кастрация может стать частью лечения и убрать частоту меток (но это по показанием знающего врача) .

Кастрация не лечит поведенческие проблемы и ошибки воспитания.