Все ли гены аллельные?

Есть ли в гомологичных аутосомах одинаковые участки, которые не являются локусами аллельных генов, а разных, след-но, при этом каждый из них в генотипе организма имеет 1 аллель (исключая амплификацию и мутации в пределах одной хромосомы)?